Le traitement des malformations congénitales est essentiellement chirurgical.

Une vie sexuelle normale peut être assurée aux jeunes femmes affligées de cette anomalie par la création d'un néovagin. Celle-ci est entreprise lorsque la patiente en exprime le désir. Sa maturité psychique et sexuelle, ses motivations, sa détermination, sa coopération sont en effet indispensables, voire déterminantes pour le succès du traitement. De nombreux procédés ont été préconisés avec des fortunes diverses. Les patientes ont le choix entre la méthode non opératoire de Frank (dilatation instrumentale de la cupule vaginale à l'aide de bougies, dépendant de l'élasticité de la cupule), et les diverses méthodes chirurgicales.

Toutes les techniques de colpoplasties (création d'un néovagin) ont des avantages et des inconvénients et il est vain d'affirmer que l'une est supérieure aux autres.

La méthode de Frank (dilatations) doit « toujours » être tentée. En cas d'échec, les procédés nécessitant le port d'un mandrin ou la pratique de dilatations instrumentales pourront être proposés aux patientes coopérantes et déterminées en s'efforçant d'éviter les suites longues et fastidieuses. Des procédés plus risqués seront entrepris chez les patientes pressées. La mise en œuvre de semblables traitements doit s'accompagner d'un soutien psychologique. Enfin, il ne faut pas oublier que les résultats fonctionnels sont plus importants que les résultats anatomiques et que les progrès scientifiques permettent aujourd'hui aux médecins de pouvoir proposer à leurs patientes des solutions très satisfaisantes. En tout état de cause, le choix entre telle ou telle technique doit être fait après discussion avec son médecin.

Les recherches quant à l'éventualité des greffes d'utérus n'ont donné à ce jour aucun résultat probant.